Dès leur publication, les légendes de Saint Malachie sont étudiées par les savants et les théologiens les plus illustres de l'époque. En 1601, le dominicain Giannini en publie deux commentaires, en latin et en italien. Le bénédictin Henriquez, le jésuite Cornelius et Lapide et beaucoup d'autres citent le précieux document, qu'ils considèrent déjà comme ayant une autorité indiscutable.

A côté des savants, les plus saints personnages saluent avec respect la mystérieuse prophétie. C'est la cas du Vénérable Holzhauser, qui l'invoque dans son Commentaire sur l'Apocalypse. Un jésuite, Engelgrave, parle même de " monument mémorable ", de "symboles obscurs qui trouvent toujours leur application lumineuse". Et, de fait, l'oeuvre attribuée au saint évêque d'Irlande s'impose de plus en plus à la confiance publique, car la réalisation des sentences devient de plus en plus frappante.

En Italie, les différentes éditions se succèdent presque sans interruption. A Rome même, les autorités religieuses témoignent d'un grand respect pour la fameuse révélation. En 1670, lors de l'élection de Clément X, des inscriptions triomphales saluent dans le nouveau pontife celui qui réalise la légende De Flumine magno (du grand fleuve). Clément X naquit en effet à Rome, sur les bords du Tibre, le 13 juillet 1590, à un moment où cette rivière avait tant débordée "qu'elle entra dans sa maison et fit flotter son berceau". C'est tout au moins ce que rapportent les contemporains. Toutefois, cette histoire (qui rappelle celle de Moïse) est peut-être trop belle pour être vraie.

Les fêtes du couronnement firent néanmoins allusion à la prophétie. 

" Le 8 juin, écrit un historien, le pape se rendit à la basilique de Latran, accompagné d'un cortège pompeux et solennel. Au Capitol, le peuple romain lui avait dressé un arc de triomphe dont le plan était dû au chevalier Raynald. Cet arc était décoré de deux statues représentant la Noblesse et la justice ; deux autres statues, placées au sommet, soutenaient un vaste écusson où resplendissaient six étoiles avec l'épigraphe De flumine magno, que la foule croit avoir formulée autrefois par le bienheureux Malachie dans un sens prophétique. On voulait signifier que le pape Clément était originaire de la ville de Rome, traversée par le grand fleuve du Tibre. "

L'historien ajoute que, sur un autre arc de triomphe, on pouvait lire, entre autres " Du grand fleuve des cieux (De fulmine Caeli magno), les astres cléments feront dériver sur la terre un fleuve de paix. "
C'était une allusion à l'autre interprétation de la devise du pape.
Les armes de sa famille représentaient en effet six étoiles, c'est-à-dire la constellation de Cassiopée, qui est traversée par la Voie lactée ; en latin, cette immense traînée lumineuse est désignée par l'expression Magnum flumen (le grand fleuve). Très souvent les devises des papes firent l'objet de deux interprétations.

Dès lors, à chaque élection pontificale, des démonstrations semblables attestèrent la faveur prolongée dont jouissait la prophétie. Fait remarquable, ce ne sont pas seulement les catholiques qui la scrutent, mais les protestants s'y intéressent également, comme le savant Théodore Crüger, Graff ou Daniel Moller, qui la tiennent pour authentique.

Cette opinion reçut une confirmation supplémentaire en 1689, lors d'une élévation au souverain pontificat du pape Alexandre VIII. Sa devise Poenitentia gloriosa (la Pénitence glorieuse) fut immédiatement rapprochée de la fête que l'on célébrait le jour de son élection (6 octobre), celle de saint Bruno, fondateur de l'ordre très sévère des Chartreux adonnés à une pénitence perpétuelle. Ce pape fit même graver dans les premières années de son pontificat des médailles sur lesquelles saint Bruno était représenté entouré de la sentence de Malachie : Poenitentia gloriosa.

On est même en droit d'affirmer qu'n une occasion au moins la prophétie de saint Malachie a contribué à faire un pape. Déjà, en 1644, l'élévation d'Inoncent X sur le trône de saint Pierre pose un problème curieux, celui de savoir si les cardinaux ne se laissèrent pas influencer par la 82è légende, Jucunditas crucis (la beauté de la croix), au  point de procéder  l'élection de ce pape le jour de l'Exaltation de la Croix, le 14 septembre. 

Mieux encore, en 1667, au conclave dans lequel le pape Clément IX fut l'élu, il occupait la "chambre des cygnes", ainsi nommée à cause d'une peinture qui représentait ces oiseaux. Voici, à ce sujet, le témoignage d'un contemporain, Coulon, d'autant plus probant qu'il date des premiers mois du pontificat de Clément IX époque où il n'aurait pas manqué d'être contredit si ce témoignage s'était avéré faux.

" Aussitôt après que le Sacré-Collège eut été convoqué dans toutes ses formes ordinaires, le partage seul que le sort lui avait marqué au conclave de la Chambre des Cygnes, où ces oiseaux était peints, fut un préjugé secret que ce cardinal serait l'astre qui en était mystérieusement promis. En effet, par une union merveilleuse de toutes les volontés et par le consentement universel de tous les suffrages, il fut exalté au souverain pontificat. " La devise de Clément IX était Sidus olorum (l'astre des cygnes). Or ce pape était natif de Pistoia, arrosé par la rivière Stella (étoile).

Au XVIIè siècle, les confirmations de la prophétie de saint Malachie ne manquèrent donc pas pour ancrer l'opinion dans sa créance? C'est seulement  la fin de ce même siècle que les premières voix discordantes se firent entendre, dont celle d'un célèbre Menestrier, qui accrédita la thèse que le texte tout entier pourrait bien avoir été fabriqué en 1590, au conclave où fut élu Grégoire XIV. Cette tendance à la critique allait être celle de tout le XVIIIè siècle, qui s'attaqua d'ailleurs aux textes mêmes de l'Ecriture sainte. Le père Menestrier fit école et ses idées furent reprisent par de nombreux auteurs...