Jean-Baptiste Grenouille naît à Paris. Il vient au monde au milieu de légumes et de poissons avariés, lors "d'une des journées les plus chaudes de l'année". Sa mère, accusée d'infanticide est condamnée et décapitée. Le petit Jean-Baptiste est confié à plusieurs nourrices. Aucune ne le garde. Trop inquiétant car il ne possède aucune odeur.

L'une des nourrices le ramène au père Terrier, moine au cloître de Saint-Merri. Ce dernier est frappé par l'extrême sensibilité olfactive du nourrisson. Inquiet, il se débarrasse vite de Grenouille. Il sera alors confié à Mme Gaillard, une femme sans odorat. Dans cette maison, Grenouille survit dans un milieu hostile. Il apprend à distinguer les odeurs environnantes.

Cet odorat d'exception fait de lui un quai surhomme. Un odorat hyper-développé qui lui permet de se diriger dans l'obscurité et de "voir" à travers les murs et placards. Un talent exceptionnel qui fait de lui un homme insensible à tout ce qui l'entoure. Rien ne peut l'émouvoir, tout lui est indifférent y compris la beauté et la vie humaine. Seul les odeurs l'intéresse.Il recherche le parfum absolu, celui qui grise tout le monde, les hommes et les femmes. La quête de sa vie. 

Il deviendra l'un des plus grands tueur en série de l'histoire de la littérature pour capturer l'odeur des femmes qu'il cherche à collectionner.

Dans ce roman à la fois très documenté et baroque, Patrick Süskind nous propose une réflexion sur notre animalité et notre sensualité. Poussant "l'empire du sens" à son comble, il fait de son héros un demi-dieu terrifiant qui magnétise les hommes en les tenant par le bout du nez.