Si l'on écarte l'idée d'un miracle divin, quelles sont les autres hypothèses susceptibles d'expliquer un aussi étrange phénomène que l'incorruptibilité des corps après la mort ? La première supposition qui vient à l'esprit est évidemment l'embaumement préalable du corps  : celui-ci est aisément décelable et implique, en outre, dans la plupart des cas, l'ablation des viscères. Or les examens ordonnés par les autorité ecclésiastiques visaient généralement à la recherche des traces de substances employées par les embaumeurs, et l'on a trouvé fréquemment des organes internes en parfait état. L'absence de viscères n'est d'ailleurs pas une preuve d'embaumement, étant donné que les organes de certains saints ont été souvent prélevés, comme ceux de saint François-Xavier, par exemple, pour être utilisés comme des reliques sacrées : dans ce cas, c'est seulement lors de la première exhumation que l'incorruptibilité peut être dûment étables.

Joan Cruz, l'auteur des  Incorruptibles, distingue trois types d'incorruptibilité physique : les corps délibérément conservés ( embaumement ou autre ), les corps préservés accidentellement, ou grâce à des causes naturelles plus ou moins bien déterminées, et enfin les cas d'incorruptibilité authentique, surnaturelle. Les manifestations qui relèvent de la deuxième catégorie, pour avoir des causes purement matérielles, n'en sont pas moins prodigieuses. Le père Thurston et Joan Cruz citent ainsi de nombreux lieux dont le sol, dit-on, a la vertu de préserver les cadavres qui lui sont confiés - et pas toujours par momification.

Au chili, on découvrit en 1954, dans une grotte de montagne, le corps naturellement momifiés d'un jeune garçon dont le décès remontait à cinq siècles environ. Il s'agissait sans doute d'une victime offerte en sacrifice aux divinités et que l'on abandonna à cette altitude, après l'avoir droguée, pour qu'elle gèle. On sait également que de nombreux corps humain datant de l'âge du fer ont été découverts parfaitement conservés, dans les tourbières du Danemark, d'Irlande ou d'Ecosse.

On connait de nombreux exemples de conservation des corps dans l'alcool, le formol, le sel, le sable... mais aussi dans d'autre substances inattendues comme le miel, le rhum ou le guano. Mais, dans tous ces cas, on ne peut pas vraiment dire qu'il s'agisse d'une véritable incorruptibilité du corps lui-même.

Certains cimetières, ou lieux de sépulture, ont été choisis précisément en raison de leurs propriétés particulières, c'est-à-dire de conditions naturelles propres à stopper ou à ralentir le processus naturel de décomposition. Les catacombes de Palerme et de Malte sont ainsi réputées pour leurs momies naturelles, à propos desquelles un auteur du XIXe siècle notait : " Elles sont vêtues ainsi qu'elles l'étaient durant leur vie... La peau et les muscles sont aussi racornis que la morue séchée. Aucune n'est cependant réduite à l'état de squelette, bien que certaines d'entre elles soient là depuis 250 ans "

Au XVIIIe siècle, il était fort à la mode, pour l'aristocratie allemande, de se faire enterrer dans la crypte doublée de plomb de la cathédrale de Brême. Et ce, depuis que l'on y avait découvert le cadavre étonnamment bien conservé d'un ouvrier qui avaient été victime d'un accident bien des années auparavant.

La crypte de l'église Saint Michel de Dublin posséderait, semble-t-il, les même propriétés. Un rapport datant de 1901 mentionne la
découverte " d'un pathétique cadavre de bébé, dont les poignets dodus portaient encore les rubans blanc fanés dont on les avait parés le jours des funérailles ", tandis que le cercueil portait la date 1679.
La remarquable conservation des corps est sans doute due à l'extrême sécheresse de l'air ainsi qu'à l'absence de poussière, conditions également présentées par la nécropole de Kiev, où l'on peut voir un très grand nombre de corps racornis gisant dans leurs cercueils ouverts - mais désormais recouverts d'une plaque de verre.
On a également évoqué le rôle possible des radiations, dans le cas du chevalier brandebourgeois que nous avons cité précédemment, ou dans celui des cadavres desséchés, vieux de plus de 250 ans, trouvés au château de Wasserburg-Sommersdorf, toujours en Allemagne. Bien que l'on ait effectivement détecté de faibles radiations dans les tombes du château, cette explication ne saurait être généralisée. Et surtout, elle ne peut rendre compte des corps véritablement intacts et non momifiés.
Joan Cruz fait remarquer que ces caractéristiques ne sont pas celle de la véritable incorruptibilité, qui s'accompagne toujours d'une grande souplesse et d'une remarquable fraîcheur, même après des siècles.

Il nous faut évoquer ici un autre phénomène naturel fort singulier, qui est la saponification, autrement dit, la transformation des tissus humains en une masse ammoniacale savonneuse, tandis que l'épiderme se durcit.
Cette substance saponifiée est dite " gras de cadavre " ou encore
" adipocire ". On observe ce processus chez des cadavres inhumés dans des terrains marécageux putrides, mais on ignore encore pourquoi il intervient dans certains cas et pas dans d'autres.
En 1785, à Paris, le sieur Thouret fut chargé de déblayer le cimetière de l'église des Saint-Innocents. Il constata que beaucoup de cadavre c'étaient transformés en adipocire :
" Les corps eux-mêmes n'avaient rien perdu de leur taille ni de leur volume ; enveloppés dans leur suaire, comme de grandes chrysalides, ils ne semblaient pas avoir subi de décomposition. Le seul changement que l'on pouvait remarquer, en déchirant les draps qui les enveloppaient, c'est que la chair s'était transformée en une masse flasque, dont la blancheur contrastait singulièrement avec la terre sombre dans laquelle ils gisaient "
Les yeux étaient intactes.

La saponification, qui n'est en fait qu'une forme particulière de décomposition des lipides, n'est pas courante, mais elle n'est cependant pas exceptionnelle ( au Smithsonian Muséum de Washington, on peut voir le cadavre saponifié d'un soldat de la guerre de sécession ).
Les autorités ecclésiastiques n'en tiennent donc pas compte comme phénomène miraculeux. Il est probable cependant qu'en des époques fort reculées, où les connaissances médicales étaient encore rudimentaires, quelques cas de prétendue incorruptibilité aient été mal interprétés. Mais en général un examen médical tant soit peu sérieux suffit à attester la présence d'adipocire.

Nous possédons ainsi le rapport établi après l'exhumation de la bienheureuse Marie de Sainte-Euphrasie Pelletier, morte en 1868.
Trente-cinq ans plus tard, son cercueil ouvert laissait voir les traits parfaitement reconnaissables de la fondatrice de l'ordre du Bon Pasteur.
L'un des médecin ayant procédé à l'examen écrivait :
" La bouche était entrouverte, les yeux fermés, les cils intacts. "
Sans même ouvrir le corps, il s'estimait :
" capable d'affirmer que la poitrine, l'abdomen, les cuisses et les jambes étaient couvert d'une peau semblable à celle d'une momie, recouvrant une masse de gras de cadavre résultant de la saponification des tissus ".
Le deuxième médecin notait :
" La peau momifiée et rigide, produisant un bruit sonore lorsqu'on la frappe avec un instrument de métal, recouvrait une substance appelée vulgairement " blanc de cadavres ".

La véritable incorruptibilité est bien différente : pour des raisons inconnues, un corps reste intact, tandis que d'autres, à ses côtés, retournent à la poussière dont ils sont issus. Bien que l'Eglise catholique voie là une " faveur divine ", ce miracle n'est pas suffisant, à lui seul, pour obtenir la béatification. Joan Cruz a parfaitement exprimé l'attachement particulier des catholiques pour les reliques saintes :
" Pour nous qui avons aimé et admiré certains de ces saints, c'est un réconfort de penser qu'ils ne sont pas seulement quelque part dans le royaume des cieux, mais que leurs corps, qui sont destinés à connaître un jour la gloire, sont présent parmi nous ".

Cette tranquille certitude ne suffit cependant pas aux esprits objectifs, car l'incorruptibilité n'est pas l'apanage des saints catholiques. Non seulement c'est un élément qui se rencontre dans la plupart des autres religions, mais c'est encore un thème très important de l'inconscient collectif et du folklore. Nous citerons un cas séculier particulièrement significatif, rapporté par le New of the world du 8 mai 1977. La petite Nadja était décédée en 1965 à Rome, à l’âge de 2 ans. Pendant douze ans, sa mère ne cessa d'affirmer que son enfant lui apparaissait en rêve, demandant qu'on vienne la chercher dans son cercueil. En 1977, sa demande d'exhumation fut enfin satisfaite, et l'on découvrit effectivement le corps intact du bébé.

Les similitudes troublantes authentique suggèrent l'existence d'une sorte d'archétype qui transcende la réalité quotidienne. Les seules véritables questions fondamentales concernent alors la nature de notre existence physique et spirituelle de l'essence de la réalité elle-même.

En 1552, la stupeur fut grande lors de l'ouverture du tombeau de Guillaume le conquérant à l'église Saint-Etienne de Caen.
Bien que la roi guerrier ait été inhumé depuis quelques quatre siècles, son corps - et plus particulièrement son visage - apparaissent remarquablement conservés et donnent l'impression d'être vivants. Il est vrai qu'il avait été embaumé, mais à la façon plutôt fruste de l'époque, et le cadavre aurait dû normalement être réduit en poussière depuis longtemps.

Un artiste local fut alors chargé de faire le portrait posthume du duc de Normandie. Utilisant la cadavre comme modèle, il choisit néanmoins de l'habiller au goût du jour. Et c'est ainsi que Guillaume le Conquérant fut représenté comme un prince de la Renaissance.