Le " mystère de la nativité " est indissociable de l'histoire de la Sainte Famille. Il est à la fois l'épicentre car c'est dans le foyer de Marie et Joseph, tout juste mariés, que Dieu, qui les a choisis selon le récit, fait naître Jésus à Bethléem. Le révélateur car c'est par cette naissance bien réelle du temps du roi Hérode que  l'histoire de la Sainte famille commence. La Nativité est donc pour  Marie et Joseph le plus intime et le plus publique des événements qui puissent leur arriver.

Si cette naissance a été qualifiée par la suite de "mystère", c'est pour accentuer la portée extraordinaire tant au niveau religieux qu'au plan historique. Rappelons que le mot "mystère" vient d'une racine grecque qui signifie "être initié". Le mot revient à expliquer ce que nous ne pouvons voir avec les yeux et que nous n'aurons jamais fini de comprendre, mais qui éclaire d'une signification les choses importante de la vie et du monde.

Pour comprendre en effet ce qui participe au mystère de cette naissance, il est nécessaire de replonger dans l'histoire du pays hébreu, conquis par l'Empire romain et de bien avoir à l'esprit ce qui avait été promis au peuple juif descendant d'Abraham et de Moïse. De longue date était annoncée la venue d'un libérateur qui serait appelé le "Messie", c'est-à-dire celui qui, envoyé par Dieu, viendrait apporter le salut à Israël et par Israël au reste du monde. Cette espérance messianique, le peuple juif très croyant l'avait puisée dans les Livres saints de l'Ancien Testament où se trouvaient consignés les promesse faites par Dieu à leurs prophètes inspirés.

Les historiens du premier siècle, on peut s'en étonner, se sont faits discrets sur les circonstances de la naissance de Jésus, même s'ils n'ignoraient pas le personnage public qu'il était devenu. Subsistent les textes de l'historiographe judéen Flavius Joseph au 1er siècle, et du Latin Pline le Jeune (env. 61-115). L'historien romain Tacite (env. 58-120) et l'érudit romain Suétone (entre le 1er et 2ème siècle) l'évoquent également brièvement à l'occasion de la description de l'incendie de Rome. Mais les seuls documents qui narrent de façon plus précise la nativité de Jésus sont les évangiles dits de l'enfance, de Luc et Matthieu. 

Matthieu introduit ainsi son récit : " Jacob engendra Marie, de laquelle a été engendré Jésus, celui qui est appelé le Christ. " L'évangéliste parle aussi des mages venus d'Orient, guidés par l'Etoile de Bethléem. Ils se mettent en chemin pour rendre visite à la Sainte Famille et adorer l'enfant. Au court du récit de Luc, la conception virginale de la Vierge Marie annoncée par l'ange Gabriel a été retenue comme un des premiers signes signifiants d'une naissance atypique. L'ange dit à Marie : " Le Saint-Esprit viendra sur toi, et la puissance du Très-Haut te couvrira de son ombre. " La réponse de Marie, qui acte son adhésion à ce projet insensé, est la suivante : "Voici la servante du Seigneur, qu'il me soit fait selon sa parole. "

Devant de tel signes, les théologiens se sont accordés pour dire que toute la vie de Jésus reposait sur un mystère à approcher non par la raison ni l'intelligence mais par la cœur : mystère de sa vie et de sa mort auquel s'ajoute le mystère de ceux qui, comme Marie, ont adhéré et fait confiance. Alors, la nativité de Jésus Christ est-elle idéalisation légendaire comme les païens de l'époque ont pu le penser, eux qui étaient sensibles aux origines surhumaines des puissants ? Ou bien est-ce une croyance qu'adopteront les chrétiens ? L'empereur Constantin, en se convertissant au christianisme en 330, lève les doutes.

Si aucun texte dans les évangiles ne précise la période de l'année où a eu lieu cet événement, c'est le pape Libère qui décide en 354, que la Nativité sera fêtée le 25 décembre. Il assimile ainsi les fêtes populaires et païennes célébrées autour du solstice d'hivers avec une nouvelle fête religieuse. Cette date est rapidement adoptée en Orient depuis la fin du IVe siècle. Certaines Eglises orthodoxes (Jérusalem - Russie - Serbie - République monastique du mont Athos)  utilisant le calendrier julien, continuent de célébrer la fête de la Nativité le 7 janvier.

La légende qui a véhiculé la naissance de Jésus dans une grotte date du IIè siècle. Ce récit s'inscrit dans le registre littéraire du merveilleux. On en trouve le détaille dans le Dialogue avec Tryphon de l'apologète et philosophe chrétien Justin de Naplouse, puis dans le Protévangile de Jacques. Ces récits apocryphes n'ont pas été retenu comme étant authentiques, mais ont alimenté le décor de la Nativité, transformant la mangeoire de pierre de la salle haute dans laquelle Jésus avait été déposé en une image plus romantique, celle de la grotte. Les deux plus anciennes représentations de la Nativité qui soient connues datent du IVè siècle.

La première consiste en une peinture murale ornant la chambre mortuaire d'une famille chrétienne ayant vécu aux environs de 380, découverte dans les Catacombes de Saint-Sébastien à Rome. L'autre mention fait référence à une scène peinte sur le sarcophage de Stilicon (IVè siècle) de la Basilique Saint-Maximilien à Milan représentant l'adoration de l'enfant Jésus par les Rois mages. Mais la plupart des représentations remontent en Occident au Moyen Age, tandis qu'en Orient les icônes ont très tôt représenté la Nativité. De très nombreux peintres y ont depuis trouvé leur inspirations.