L'écrit de saint Malachie n'est redevenu d'actualité qu'à la fin du XVII siècle. En effet, à cette époque, trois sentences des Prédictions s'adaptèrent si parfaitement aux papes concerné, que la vieille prédiction retrouva tout son lustre. Ce document était presque tombé dans l'oubli lors de l'avènement de Pie VI en 1775. Celui-ci avait pour devise la 96ème sentences, Peregrinus apostolicus (Le voyageur apostolique).

Pie VI accomplit un grand voyage à Vienne pour régler avec Joseph II des divergences épineuses concernant les droits de l'Eglise. C'était la première fois depuis plusieurs siècles qu'un pontife quittait l'Italie. 
Son second voyage, un véritable chemin de croix, fut involontaire : le Directoire l'avait fait enlever de Rome, presque mourant, et conduire à Valence où ce voyageur "apostolique" s'éteignit presque aussitôt. C'était la première fois depuis sept siècles qu'un pape mourait en exil. Cette circonstance mérite d'être notée car elle met en relief la justesse de la devise qui frappa beaucoup l'opinion à cause des circonstances dramatiques dans lesquelles elle s'accomplit.

Mais le premier voyage du pape en Allemagne, en 1782, avait dès ce moment attiré à nouveau l'attention des foules sur la prophétie de saint Malachie. Une médaille, qui fut frappée à Nuremberg en l'honneur de l'illustre visiteur, reproduisait la devise Peregrimus  apostolicus sous l’effigie du pape. 

Avec la légende de son successeur, Pie VII, Aquila rapax (l'aigle rapace), la prophétie atteint son heure de gloire. Ici la concordance est encore plus stupéfiante puisqu'elle évoque les tribulations sans nombre que dut subir ce malheureux pontife de la part de Napoléon, " l'aigle rapace" de la sentence.

Ce n'est pas tout, cette sentence de Grégoire XVI, pourtant si originale et si particulière, se confirme avec une deuxième anecdote. Sous son règne et par ses ordres, d'importantes fouilles archéologiques furent poursuivies en Étrurie, et le musée étrusque, si riche et si considérable, fut fondé par lui au Vatican et porte aujourd'hui encore le nom de Musée Grégorien.

Dès lors, l’intérêt des foules pour la Prophétie sur les Papes ne se démentira plus car, depuis Pie VI jusqu'à nos jours, la plupart des sentences allaient recevoir une interprétation extrêmement satisfaisante. Celle de Pie IX, Crux de cruce (La crois par la croix),  en serait le plus éclatant exemple.
Avant Pie IX, la croix s'était souvent trouvée dans les légendes d'autres papes et, à chaque fois, son interprétation symbolique renvoyait à une épreuve terrible pour l'église.

De même, la maison de Savoie, celle des nouveaux rois d'Italie en cette seconde moitié du XIXè siècle, avait pour armes une croix blanche. Cette famille, par ses traditions semblait destinées à se montrer le plus ferme soutien de la papauté. Or, on sait que sa volonté d’unifier l'Italie sous un seul sceptre et de faire de Rome la capitale du nouveau royaume allait l'opposer au pape. Durant longtemps, grâce à Napoléon III, cette menace resta latente, mais avec la chute de l'empereur, le roi d'Italie put enfin réaliser son rêve et le pape se trouva soudain sans Etat et se considéra désormais comme prisonnier dans son palais du Vatican.

 En France, beaucoup de catholiques s'engagèrent dans les célèbres zouaves pontificaux pour défendre par les armes les Etats de l'Eglise. Il y eut des combats sanglants. Peu à peu, toutefois, Victor-Emmanuel annexa plusieurs provinces appartenant au pape : la Romagne, puis les Marches d'Ancône après la terrible bataille de Castelfidardo (1860). L'année suivante, Victor-Emmanuel est proclamé roi d'Italie. Dès lors il ne songe plus qu'à s'emparer de Rome et des Etats restant encore à Pie IX.

" Sûre d'elle même, l'Italie peut attendre des occasions propices d'obtenir ce qui lui manque encore" écrit un diplomate italien.
Mais trois ans plus tard, la guerre contre la Prusse oblige Napoléon III à retirer ses troupes de Rome. Dès lors Victor-Emmanuel tient le pape à son merci : le 20 septembre 1870, les troupes italiennes entraient dans la ville éternelle par la brèche de la Porte Via et les étendards du nouveau roi, frappés de la croix blanche, flottaient bientôt sur tout les édifices.

Comment aurait-il été possible alors d'ignorer la 101è devise de saint Malachie : La croix viendra par la croix ? 

Pie IX lui-même employa plus d'une fois cette comparaison de la croix pour exprimer les épreuves auxquelles il était soumis. " Tout le monde le sait, disait-il en 1872, saint Pierre termina ses jours sur une croix. Une croix nous est aussi offerte à Nous-même. Je ne dirais pas une croix matérielle, mais une croix que la nature se résigne difficilement à porter : je veux dire les souffrances. Comme saint Pierre, lorsque j'étais jeune, je pouvais aller, moi aussi, librement où je voulais : mais aujourd'hui je suis vieux, je ne le puis pas, parce que l'impiété m'empêche d'être libre administrateur de l'Eglise de Jésus-Christ. "

Cet événement eut un énorme retentissement. Pie IX fut considéré par les catholiques comme un martyr et la prophétie de saint Malachie en reçut un nouvel éclat. C'est en effet durant les grandes épreuves que les peuples éprouvent le besoin de les expliquer. A chaque calamité, on voit refleurir ainsi les grandes prophéties.

La guerre de 1914, puis la Seconde Guerre mondiale furent l'occasion de remettre en honneur les célèbres visions de Nostradamus. Sans doute, par cette démarche, les foules espèrent-elles, en essayant de leur trouver une explication, ôter à ces terribles événement une part de leur malfaisance.

On comprendra sans peine qu'à la mort de Pie IX, après un très long règne de 32 ans, on scruta avec un immense intérêt la devise de son successeur. Celle-ci, Lumen in coelo, allait-elle se trouver confirmée aussitôt, ou bien comme au temps de Pie VII et de Pie IX faudrait-il attendre les événements du règne pour trouver une explication ? On fut bientôt fixé. Celui qui allait devenir Léon XIII appartenait à la famille des Pecci dont les armes représentaient une comète dans le ciel d'azur, c'est-à-dire une lumière dans le ciel.

Les interprétations de ce blason mettent le plus souvent en relief le simple mot lumen (lumière). Il est pourtant remarquable d'y trouver en même temps, représenté d'une manière visible, le ciel illuminé de ses rayons (la queue de la comète). Pourtant, les partisans de la prophéties sur les papes rappelle que la suite du pontificat permet également une seconde interprétation, symbolique celle-là, plus profonde encore que la première. Il est indéniable en effet que le règne de ce pape se caractérise essentiellement  par son enseignement doctrinal.

Léon XIII examina tour à tour les questions religieuses ou philosophiques qui intéressaient le monde à la fin du XIXè siècle. 
Ses encycliques sont demeurées parmi les plus célèbres jamais écrites par un pape. Deux d'entre elles proclamaient que l'Eglise n'était liée à aucun régime politique. Au milieu des sollicitudes prêchait le ralliement des catholiques français à la République. Rerum Novarum définissait la doctrine sociale de l'Eglise, dénonçait les excès du capitalisme et rappelait les droits des ouvriers.

D'autres encycliques ouvraient plus largement l'Eglise aux problèmes intellectuels de ce temps. Ainsi dans tous les domaines, après la longue période de repliement sur soi du règne de Pie IX, celui de Léon XIII remettait l'Eglise en contact avec les réalités du monde moderne. Les adeptes de la prophétie purent à juste titre invoquer le rayonnement du pape, pour eux véritable, pour justifier l'interprétation symbolique de la sentence de Malachie.

Les prophéties concernant les papes suivant n'allaient pas être moins troublantes...