Lors d'un voyage entre le Pérou et la Chine, des marins sont forcés d'accoster sur l'île de Bensalem, la Nouvelle Atlantide. 
L'endroit est peuplé de Chrétiens ayant été convertis par saint Barthélémy, qui ont décidé de vivre là, coupés du reste du monde, et d'y mener une existence sage et heureuse. Le centre névralgique de l'île est la Maison de Salomon - ou collège de l'oeuvre des six jours - véritable centre universel d'étude et de recherche. Les habitants de Bensalem, héritiers des traditions hébraïques et évangéliques, ne se contentent pas de vivre de l'héritage du passé. 
Régulièrement, ils envoient à l'étranger des savants, des chercheurs et d'autres explorateurs, qui effectuent des observations et rassemblent pour la Maison de Salomon tout ce qui peut servir à étudier et à "élucider les causes secrètes des choses : animaux, formes vivantes, pierres, végétaux, informations de toutes sortes, inventions, rapports de découvertes, etc. Le but de cette quête de la connaissance est d'augmenter le savoir humain, afin de permettre à l'homme de mieux dominer la nature et de lui procurer un mieux être.

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Dans la Maison de Salomon, les savants et chercheurs s'adonnent à des expériences de toutes sortes : ils inventent de nouveaux métaux, ils font des expériences dans l'atmosphère, sur terre, sous terre et sous la mer, ils mettent au point des machine pour canaliser les eaux ou créer des vents, ils analysent la lumière et les sons, ils essayent d'enregistrer la parole et la musique, ils élèvent et cultivent toutes sortes d'animaux et de plantes, ils guérissent les maladies des hommes et ils ont trouvé le moyen de prolonger la vie.

Par son côté utopique , La Nouvelle Atlantide fait évidemment penser à l'Utopie de Thomas More et à La Cité du Soleil de Campanella.
Mais Bacon va moins loin dans l'imaginaire, peut-être parce qu'il a simplement voulu mettre en situation ses idées philosophique sur la science. Il est vrai aussi que son récit est resté inachevé, et qu'il ne concerne que la science et la recherche.
Publié en 1627, ce texte est donc plus une utopie scientifique que politique et traduit le rêve d'une société par et pour la science que Bacon cherchait à défendre.